Saraydaki çoğu yapı Fatih döneminde yapılmıştır fakat bu yapıların değiştirildiği de olmuştur. Yine de iskelet yapı Fatih döneminde yapılmıştır. Osmanlı döneminde Topkapı Sarayı yapılan ilk saray değildi. İlk yapılan saray Eski Saray'dı. Saray-ı Atik de denirdi. O zamanlar İstanbul Üniversitesi'nin rektörlüğünün olduğu bölgede olan Eski Saray'ın yerine, Sarayburnu'nun stratejik konumu, Haliç ve Boğaz'a hakimiyetinin farkına varan Fatih, buraya Yeni Saray'ı yaptırma kararı almıştır.